Alto relieve que representa la apoteosis de San Ignacio de Loyola. El fundador de la Compañía de Jesús aparece arrodillado sobre nubes ante el crucificado, y entre ellos una cartela con la inscripción CERT. BON. CER ("certamen bonum certavi": combatí un buen combate). Tanto en el paño de la pureza del crucificado, como en los ropajes del santo, se advierte el plegado rígido y anguloso; una herencia del quehacer de Gregorio Fernández recogido por la escuela de Romay.

Fragmento de una escultura que representa a Cristo yacente, de la cual sólo se conserva el busto sin brazos, ya que fue atacado por las termitas. Pertenecía al retablo de la Sagrada Familia y estaba colocado en una urna sobre la mesa del altar. Talla de gran realismo en la representación dramática del rostro, la boca entreabierta con los dientes y la lengua muy minuciosa, así como la sangre que recorre su cara.

Busto del Ecce Homo, con la corona de espinas, los brazos delante del pecho y con las muñecas cruzados y atados. La cabeza, hacia atrás y ligeramente ladeada, centra toda la expresividad de la pieza, subrayada principalmente por el patetismo de la mirada al cielo y el gesto de la boca entreabierta. El tratamiento del cabello es uno de los exponentes de la calidad de esta pieza.

Arco de medio punto dividido en tres calles, en la central aparece representada la figura de Espiritu Santo que aparece representado en forma de paloma. En las calles laterales se sitúan dos ángeles.

Escultura de estudiante vestido con la característica toga.

Escultura de estudiante vestido con la característica toga.

Escultura en madera tallada y policromada que representa a un jesuita sin determinar su nombre.

Escultura de jesuita con bonete de cuatro picos, usado por el clero y en la vida académica, y hábito de la orden con manteo.

Escultura funeraria del sepulcro de los Loureiros, que representa a Josefa Mena Valdecillo, esposa del fundador Juan López Loureiros. Se trata de una estatua orante, arrrodillada y en actitud de rezo, hecha en granito policromado, y con una factura de baja calidad, decididamente pobre y tosca.

Estatua orante de don Juan López Loureiros, fundador de la capilla de la Sagrada Familia, donde se localiza su sepulcro. La escultura en granito policromado, se construye a partir de grandes piezas talladas, que acentúan su carácter cerrado y de bloque. Sorprende la escasa calidad de estas piezas, en contraposición con la categoría que los fundadores quisieron dar a la capilla, solicitando la profesionalidad de Peña de Toro para su autoría.

Escultura que representa al Niño Jesús portando la bola del mundo. Originariamente estaba desnudo pero posteriormente se vistió, por lo que se le rebajaron la cintura y las caderas quedando en esta parte la madera a la vista.

El órgano de la Iglesia de la Universidad fue construido entre 1800 y 1802 por el maestro organero compostelano Manuel Sanz, para el Colegio de Capellanes de Sancti Spiritus, que celebraba entonces sus cultos en el templo. La caja y el antepecho fueron ejecutados por Agustín Trasmonte y el pintado por Manuel de Porto.

Situado en el coro alto de la iglesia, en el lado izquierdo, el órgano es de tipo polifónico con teclado único de ventana, y destaca por sus veinticuatro juegos, que incluyen los flautados, címbalas, cornetas, trompetas reales o clarines, entre otros. Si bien construido a comienzos del siglo XIX, continúa presentando las características propias del órgano barroco español. Destaca, por su espectacularidad, la trompetería de fachada o de batalla, con sus tubos horizontales. Es ésta una característica exclusiva del órgano ibérico, como también lo es el denominado teclado partido que posee este órgano y que permite, con un solo teclado, combinar registros (y por lo tanto sonoridades) diferentes, un registro de la mitad del teclado hacia las notas más agudas (para la mano derecha) y otro hacia las notas más graves (para la mano izquierda). Fue restaurado por el taller de organería de Gerhard Grenzing en 1998.

Relieve situado en la cornisa que, a modo de dosel, finaliza el retablo mayor de la iglesia, proyectándose hacia el presbiterio. Representa al Padre Eterno que de medio cuerpo aparece entre nubes caracoleantes. En la mano izquierda sostiene un globo terráqueo finalizado en una cruz, mientras bendice con la derecha. Se recurre al arquetipo del anciano barbado y se corona con una aureola que adopta la simbólica forma del triángulo equilátero.

Escultura que representa la Piedad: la Virgen María de rodillas con Cristo recogido en sus brazos. El rostro de María es tenso y expresivo. El cuerpo de Cristo se extiende horizontalmente sobre la base de la escultura, suavizando el predominio de la diagonal de los modelos de Gregorio Fernández, buscando la mejor visibilidad del desnudado, tallado con virtuosismo, en este primer plano privilegiado del retablo.

Se sitúa en la capilla del lado sur inmediata al crucero. Retablo compuesto de zócalo pétreo, predela, único cuerpo y tres calles, separadas por pilastras, y el ático. Las tres calles contienen hornacinas que alojan a San Francisco de Borja y a los lados, originariamente, San Estanislao de Kostka y San Francisco de Reigs; actualmente este último fue sustituido por San José. El cuerpo dividido por cuatro columnas de orden toscano y de notorio éntasis , dividen las tres calles, la central más grande. Las columnas decoradas con guirnaldas de frutas y telas colgantes, en el entablamiento los típicos mutilos en forma de asa, enmarcando los tres templetes. El ático dividido en tres partes por pilastras cubiertas por alargadas placas que se superponen, intercalando cabezas de ángeles y creando planos cada vez más salientes. La calle central se adelanta, destacándose plástica y lumínicamente. El anagrama de Maria y Jesús en el centro rodeado de rayos y hojas de acanto enroscadas. Los escudos de los Borja, en las calles laterales.

La estructura es idéntica a la del retablo dedicado a San Ignacio de Loyola, que le hace frente en el otro lado del crucero. Se adopta la solución, vigente desde finales del siglo XVII en la retablística española, de un cuerpo único sobre bancal o predela y rematado en ático. Este cuerpo principal se articula mediante cuatro columnas salomónicas de orden gigante y asentadas sobre enormes ménsulas, quedando así dividido en tres calles, la central mayor. En las calles laterales se superponen dos templetes, poco profundos, y en la central, un gran hueco de medio punto cobija la imagen de San Francisco Javier. El ático está presidido por el lienzo de la Visión de la Storta; en él se repiten las columnas salomónicas, luego una orden de machones y a continuación arcobotantes avolutados finalizando el enmarque. En el bancal, y coincidiendo con la calle central del cuerpo principal, un hueco acoge la imagen de San Francisco Xavier yacente. La ornamentación, exuberante y recargada, emplea una gran variedad de motivos como jugosos festones, tarjetas y hojas de vid, motivos geométricos, cintas, etc.

Según las tendencias vigentes en la retablística española desde el último tercio del siglo XVII, Andrade, presumible autor de la traza, diseña un retablo de un solo cuerpo articulado por columnas salomónicas de cinco vueltas y orden gigante, asentado sobre un bancal y coronado por un ático de final semicircular. Las columnas, sobre grandes y recargados mensulones, generan una división en tres calles: la central más ancha, con templetes superpuestos y de escasa profundidad en los laterales y un amplio hueco en el centro para colocar la imagen del santo titular. Sobre el entablamento, movido según la disposición de los soportes, se erige el ático, en el que se dispone la tabla de la Virgen de la Strada, quedando esta estructura enmarcada por volutas conformadas por elementos vegetales, machones y columnas salomónicas, que por ambos lados avanzan en una disposición escalonada. La profusa decoración completa el conjunto, con elementos geométricos, avolutados y curvilíneos, vegetales, con sartas de frutas, follaje y otros motivos característicos de la exuberancia barroca, como los festones, las tarjetas o los pomposos espejos enmarcados por fastuosas orladuras. Este retablo, junto con el de San Francisco Javier, situado en el extremo opuesto del brazo del transepto, comparten autoría, así como pautas de organización y ornamentación.

Es una réplica del de Santo Toribio, tanto desde un punto de vista estructural como decorativo. Su imaginería corresponde con el taller de Andrés Ignacio Marino. Además del santo titular, en los paños laterales se sitúan dos santos mártires en el Japón: San Juan Goto y San Pablo Miki. Como en el caso del retablo de Santo Toribio, la imagen de la Virgen, en el ático, en este caso bajo la advocación de la Virgen de la Portería.

Retablo compuesto de zócalo pétreo, único cuerpo de tres calles, separadas por pilastras y ático. Las tres calles contienen hornacinas que cobijan, en la actualidad, a San Juan Bautista en el centro y a San Francisco de Sales y San Carlos Borromeo a los lados. El único cuerpo arranca directamente desde el pedestal, sin predela. Las calles divididas por cuatro columnas con decoración de frutas y telas. La calle central es más alta y con cornisa escalonada para colocar los atributos del marqués de Castiglione, título al que renunció el santo. En la hornacina central más grande, decorada con nueve espejos colocados en el intradós del arco y otros nueve en el fondo de la hornacina, como recurso escenográfico y efectos de luz, característico del barroco. Bajo la hornacina central, como peculiaridad, se coloca el grupo de la Piedad en una urna. En el ático reitera motivos relacionados con la Compañía de Jesús: un corazón de Jesús rodeado de rayos sobre la placa central, el anagrama de María en medio de la cornisa y varias cabezas de ángeles, incorporándose desde distintos planos.

Retablo compuesto de alto zócalo pétreo, predela, único cuerpo de 3 calles separadas por pilastras y el ático. Las tres calles contienen hornacinas que cobijan a Santo Toribio de Mogrovejo en el centro y dos santos estudiantes a derecha e izquierda. En el ático, la Virgen de la Portería devoción mariana difundida durante el siglo XVIII. El retablo fue policromado y dorado en 1751.

Escultura en madera policromada que representa a San Antonio de Padua como un joven franciscano imberbe con hábito y tonsura monacal que sostiene con ambas manos al Niño Jesús, representado nesnudo y con los brazos en alto sobre un sayal. 

San Antonio como joven franciscano, imberbe, con el hábito y tonsura monacal, sostiene al niño Jesús que, desnudo y con los brazos en alto, se yergue apoyándose en el sayal del santo. Se establece así entre ambos personajes una relación próxima y amable, que intenta subrayarse a través del giro del cuerpo de San Antonio. Estilísticamente cabe destacar la dulzura y el tratamiento exquisito que se aplica a la escena, a través del alargamiento del canon, los difuminados rasgos faciales, y un perfil de las aristas de los pliegues ligeramente redondeado. Esta pieza formaba parte del retablo barroco que fue sustituido hacia 1880 por otro de líneas neoclásicas. La pieza pertenecía a la Compañía de Jesús y por la Pragmática de Carlos III pasó a ser propiedad de la Universidad.

Escultura del Cardenal Arzobispo de Milán. Imagen cuidadosamente tallada, especialmente en los encajes del roquete que resalta sobre el violeta del hábito prelaticio.

Talla en madera policromada y dorada, representa a un jesuita con túnica negra y rosario atado a la cintura. Fue uno de los jesuitas martirizados en Japón (junto a San Juan Goto y San Pablo Miki).

Escultura que representa al jesuita novicio, muerto a los dieciocho años. Viste sotana y a veces manteo y se representa siempre joven e imberbe. Lleva al Niño Jesús en los brazos. En el transcurso de una aparición de la Virgen con el niño, la Señora le sugirió que ingresara en la Compañía de Jesús, lo cual pudo hacer después de vencer muchas dificultades, gracias a San Francisco de Borja, entonces general de la orden. Es el santo protector de Polonia.

Escultura que representa a San Francisco de Borja, tercer general de los jesuitas; viste hábito negro compuesto de sotana y amplio manteo. En la mano izquierda lleva el libro sobre el que reposa la cabeza desfigurada y cadavérica de la emperatriz Isabel (su contemplación fue el aliento de la vocación religiosa del santo), plasmada con un espantoso naturalismo. Se atribuye a la escuela vallisoletana de Gregorio Fernández.

Obispo de Ginebra. Imagen cuidadosamente tallada, especialmente en los encajes del roquete que resaltan sobre el encarnado del hábito prelaticio.

Escultura que representa a San Francisco Javier con las vestiduras jesuíticas, hábito negro compuesto de sotana y amplio manteo, que en su parte inferior presenta profundos pliegues que originan contrastes lumínicos. Con el brazo derecho levantado sostiene una cruz, mientras que en la mano izquierda porta un bordón de peregrino (anteriormente portaba unas azucenas de plata). El tratamiento del hábito, así como la disposición de la figura con el pie izquierdo adelantado, creando una composición diagonal en los planos más salientes, los remiten al taller de Gregorio Fernández. Presenta un magnifico rostro, intenso, del que brotan las arrugas, comisuras y partes óseas del blando modelado y suave carnación mate, que se hace oscura en la zona de la barba rasurada, consiguiendo extraordinarios efectos naturalistas, las recetas del taller resultan asimismo patentes, tanto en los bucles sueltos del fleco como en el corte horizontal y recto del cabello sobre las orejas o la profunda hendidura tallada poco antes de iniciarse la coronilla de la tonsura, para incrustar allí la diadema radial.

Escultura que representa a un jesuita con el habito caracteristíco. Lleva una cruz en la mano izquierda.

Escultura yacente de San Francisco Javier, titular del retablo. El santo aparece vestido con la túnica de la orden y con las manos contra el pecho, sosteniendo el crucifijo que san Ignacio le diera. El hueco en el que se dispone la figura se recubre con la representación pictórica del lugar y el paisaje en la que tuvo lugar la muerte del jesuita.

Escultura en madera policromada que representa a un santo que por su iconografía puidera ser San Froilán, con túnica, roquete y muceta, además de la mitra de obispo. Otero Túñez lo identifica como San Nicolás, patrono de la Universidad.

Escultura que responde al modelo de Gregorio Fernández, que tiene un fecundo desarrollo en Galicia entre Mateo Prado y Miguel Romay. El santo calza botas y viste túnica, abierta hasta la mitad del pecho, y manto volandero desplegado hacia la derecha. Portaba la vara florida de su boda, de acuerdo con los relatos de los evangelios apócrifos; ahora le falta. También le falta el niño acompañante, de pie a su lado, hacia quien se inclinaba el patriarca acogiéndolo. El niño fue robado y se desintegró así el esquema compositivo del grupo, en perfecta y sugestiva diagonal barroca. Subsiste la magnífica policromía, estofada en oros, rojos y azules, con tal suavidad de tonos y matices, que hacen de la obra una auténtica sinfonía cromática.

En esta escultura, el autor (Benito Silveira. San Juan de Caballeros ? - Santiago, ca. 1800) muestra la iconografía habitual de San Juan Bautista: de pie, apoyado con una prenda de piel de camello ceñida con un cinturón de cuero, que deja ver su torso desnudo. Aparece apoyado sobre el tronco de un árbol, del que sale una rama en la que se apoya un libro que sirve de peana al cordero, atributo habitual que acompaña al santo, al cual dirige su mirada y acaricia con una mano, dando la sensación de que establecen un diálogo ambos. En esta obra de excepcional calidad técnica, el artista demuestra gran habilidad y conocimiento técnico en el tratamiento de la policromía y de la talla del cabello y de la piel, así como por el tratamiento naturalista de las facciones. Procedente de la Iglesia de la Compañía, pasó la propiedad de la Universidad por la Pragmática de Carlos III.

San Juan Goto, jesuita japonés -rasgos raciales del rostro- mártir en Japón en 1597, lleva el topónimo de la isla donde nació en su nombre. Lleva la cruz y la palma del martirio en la mano, así como las flechas de su martirio en la espalda.

Fue Marqués de Castiglione, título al que renunció el santo. Con la mirada hacia lo alto y la mano derecha sobre el corazón, el jesuita expresa su total entrega a la divinidad; la otra mano, desaparecida, sostenía una cruz. Viste manto con una orla pintada y sotana ceñida mediante cinturón; es una novedad el rosario que cuelga desde el cinturón.

Escultura en madera policromada de tamaño natural de San Luis Gonzaga (1568-1591), jesuita joven, muerto a los veintidós años de edad. Lleva una cruz en la mano derecha y en la izquierda probablemente llevaría una azucena símbolo de la pureza. Se representa normalmente vestido de sotana negra y sobrepelliz. Pertenecía al antiguo retablo barroco de la capilla de la Sagrada Familia, en la Iglesia de la Universidad, sustituido hacia 1880 por otro de líneas neoclásicas.

Escultura del joven jesuíta japonés (con rasgos raciales del rostro), martirizado en el país nipón en 1597. Lleva una cruz en una mano y la palma del martirio en la otra (desaparecida), en la espalda se ven las flechas del martirio.

Escultura en madera policromada que representa a Santa Teresa de Jesús vestida con el hábito de Carmelita y en actitud mística. Descalza, lleva en la mano derecha un libro y la otra elevada hacia el cielo.

Escultura que representa a Santa Teresa de Jesús.

Escultura que representa a Santo Toribio de Mogrovejo, prelado español a quien Felipe II envió a Lima, ciudad donde ejerció el cargo de arzobispo. Su culto está extendido en toda Latinoamérica. La fiesta es el 23 de marzo. Viste indumentaria arzobispal: capa, mitra y sagrado palio. Preside el retablo lateral izquierdo de la Iglesia. La relación de Santo Toribio con la Universidad compostelana es por su formación en la misma, donde se licenció en Cánones en 1568. Según Monterroso Montero, la talla fue realizada dos décadas antes que el retablo. Estas circunstancias justifican las diferencias estilísticas: mientras el retablo presenta planteamientos tardobarrocos y rococós, la imagen de Santo Toribio presenta aún un vocabulario seiscentista, evidente en la factura de la cabeza y de los brazos. Esta imagen, igual que otra del Monasterio de San Martín Pinario, presenta la singularidad de la iconografía de colegial. Inscripción en la peana: "S TORIBIO ALFOSO MOGROUEJO"

Sepulcro que pertenece a la capilla de la Sagrada Familia. La capilla hecha por Peña de Toro servirá de sepultura a don Juan López Loureiros y a su esposa Josefa Valdecillo. Siguiendo las características arquitectónicas del conjunto, adopta la forma de arco de triunfo, que acoge en su nicho las estatuas orantes de los fundadores. Epígrafe en latín: "J H S. SANCTISSIMAE TRIADI, OPTIMIS POST DEUM ET MAXIMIS NUMINIBUS, JESU, MARIAE, JOSEPHO"

Sepulcro del arzobispo Francisco Blanco, situado en el testero alto de la iglesia de la Universidad. Concebido como un retablo, su esquema compositivo recuerda los sepulcros de la capilla mayor del Escorial. Está constituido por cuatro grandes columnas, que enmarcan el nicho con la estatua orante del prelado, con un entablamiento que sirve de asiento al gran escudo, también entre columnas, acogido por un frontón triangular. El empleo de caliza de Coimbra (Pedra de Ança), por su blandura y maleabilidad, permite en las esculturas, sobre todo en la figura del prelado, una mayor recreación en los detalles ornamentales y un exacerbado naturalismo en los rasgos del rostro y en las manos. Inscripción: "D. FRANCISCO BLANCO LEGIONENSI, AB UNA COMMENDATIONE/ VIRTUTIS, AD AURIENSEM PRIMO,/ TUM AD MALACENSEM EPISCOPATUM/ POSTRERO AD COMPOST. EVECTO-GIRO PIETATE,/ CONSILIO, DOCTRINA, VIGILANTIA, INCOMPARABILI-/ THEOLOGIAE QUONDAM PRAESIDI- ORBORUM AC PAUPERUM/ PARENTI- COLLEGIORUM SOCIETATIS IESU MALAC./ ET COMPOST./ ET IN AURIENSI COMPOSTELLANAQUE/ URBE, GRATUITI HOSPITII FUNDATORI MUNIFICENTISSIMO-/ AMICI CLIENTESQUE MOEST. P. P. - VIXIT/ ANNOS LXIX, MENSES III, DIES XXVI, OBIIT SEXTO/ KALEND. MAII, ANNO DOMINI M D L X X X I ."

Sillería de coro de estilo neoclásico. Se compone de dos filas de asientos, presentando solo los de la hilera superior relieves figurativos en los paneles de los respaldos. En el relieve de la silla principal se representa una escena de la vida del Espíritu Santo, y el resto de paneles representan los apóstoles.

Relieve en madera dorada y policromada que representa la escena de la Visitación. María embarazada visita a su prima Isabel que también está embarazada del que será Juan el Bautista. Las dos figuras femeninas se abrazan mientras san José saluda llevando la mano al sombrero. Contrasta la tersura del rostro de María con el rostro envejecido de Isabel. El paisaje y parte de la casa que sirven de fondo al relieve fueron restaurados por Francisco del Río hacia 1950 con motivo de las obras de restauración que se hicieron en el templo.

Virgen de culto en México, aquí está en posición orante, de pie. Vestida con un manto azul y la túnica rojiza decorada con flores doradas. Está situada en el ático y reposa sobre una media luna.

Escultura de bulto redondo que representa la Asunción de la Virgen Maria. Sobre una gran esfera y un trono de nubes caracoleantes, se eleva la Virgen, con los brazos abiertos, creando así una interesante diagonal. Viste túnica blanca y manto azul salpicado de estrellas, dispuesto alrredor de la Virgen con un perfil anguloso y quebrado.

Una de las visiones místicas de San Ignacio de Loyola remata el ático del retablo dedicado a San Francisco Javier. El santo fundador, arrodillado, contempla cómo el Cristo portando la cruz avanza hacia él, y entre ambas figuras se extiende la inscripción: EGO VOBIS ROMAE PROPITUS ERO ("Yo os ayudaré en Roma"). En un dorado plano superior, Dios Padre y el Espíritu Santo en forma de paloma, entre nubes y cabezas de ángeles. La obra se vincula al quehacer del pintor barroco Antonio García de Bouzas.